Meiner Erinnerung nach hat das die 7D auch nicht gemacht. Das ist auch nicht notwendig, denn der Motor wird beim Umschalten ja nicht weggedreht, sondern nur ausgekuppelt - das heißt er dreht nach wie vor mit (weswegen manche für häufigen MF Betrieb mittels einer komplizierten Schaltweise den Motor komplett ausgeschaltet haben, um Abnutzung und Beschädigung durch den Widerstand zu verringern; meiner Meinung nach unnötig). Und durch dieses Mitdrehen werden auch nach wie vor die Umdrehungen beim manuellen Fokussieren gemessen und somit weiß die Kamera trotzdem, wo das Objektiv gerade steht - auch ohne neues Initialisieren bei Zurückschalten auf AF.
Das ist auch sinnvoll, weil ansonsten der DMF-Betrieb beeinträchtigt würde.
Insofern: kein Grund, irritiert zu sein... ist ganz normal