[jottlieb]

Vorweg: Falls du hier nicht weiter kommst, empfehle ich dir http://forum.wordpress-deutschland.org bzw. http://wordpress.org/support/.
Evtl. haben die Websites der Themes auch Hilfeseiten.

Ansonsten tippe ich mal ganz stark darauf, dass die Schuld bei den Themes liegt. Möglicherweise verändern sie gewisse Funktionen von WordPress. Aber paar der genannten Symptome klingen auch so, als wären da Konflikte in Sachen JavaScript (für AJAX, Lightbox-Effekte etc.). So bringt WordPress selber solche Frameworks wie jQuery mit und bindet diese ein. Wenn Themes nun selber eine andere Version davon mitbringen und einbinden, dann knallt es ganz gerne mal.
Im Zweifelsfall frag mal den Theme-Autor, ob das Theme für WP 3.0.x getestet wurde bzw. teile die Fehler mit. Erst recht, falls es ein gekauftes Theme ist.

Nachtrag: Ansonsten poste hier doch mal bitte den Browser-Quellcode deines aufgerufenen Blogs, also der Startseite. Da kann man dann im besten Fall schon rauslesen, ob Scripte mehrfach geladen werden. Ein Live-Link wäre noch besser.