Das liegt an der sozusagen umgangenen Bayer-Interpolation (wenn man die D3x Bilder runterskaliert), aber das Rauschen sieht man trotzdem bei der D3x deutlicher wohl oder nicht?

Also sind am Ende doch manche Details weg.
Das was du meinst ist eher ein Vorteil bei 24,6 MP Sensoren, wenn man sie für niedrige ISO-Empfindlichkeiten einsetzt, denn hier zeigt sich überdeutlich uneingeschränkt, dass 24 MP Bilder als Ausgangsmaterial skaliert auf kleinere MP-Formate wie 12 MP oder 6MP deutlich mehr Details zeigen als andere Kameras die maximal nur 12 bzw. 6 MP bieten. Natürlich auch bei High-ISO wird das eine oder andere Detail womöglich bei der 24,6 MP Kamera besser zu sehen sein, aber spätestens in den extremen bzw. erweiterten High-ISO Bereichen, die keine D3x oder Alpha 900 bieten kann schlägt eine D3(s) diese beiden genannten High-MP Kameras.
Auch wenn dpreview.com so sehr umstritten sein mag für manche:
http://www.dpreview.com/reviews/nikond3x/page31.asp
Edit:
Und das sieht man selbst bei dpreview.com beispielsweise bei ISO 6400 ist zwar bei der D3 unschärfer bzw. nicht ganz so detailreich, aber zeigt deutlich weniger Rauschen. Und da es weniger Rauschen zeigt, kann man es auch angenehmer nachschärfen ohne all zu große Qualitätsverluste.
Wer's nicht glauben will sollte es mal selbst nachschärfen:
http://a.img-dpreview.com/reviews/Ni...l_6400-001.jpg
Edit:
Ansonsten sieht das Bild aus der D3 irgendwie etwas gelbstichiger aus als das von der D3x und evtl. wirkt es dadurch auch sogar etwas unscharf... Ob das der Sensor nur ist bezweifel ich... (Womöglich anderer Weißabgleich, Belichtung, etc?)