Lösung:
lade Dir die Testversion von PartitionMagic 7 runter
http://www.powerquest.com/driveimage/
Diese kann auch die Partition von im Cardreader befindlichen Microdrives (oder anderen CF Medien) löschen und neu erstellen. Dieses funktioniert bei mir mit 4 unterschiedlichen Cardreadern (USB, USB2 & Firewire) problemlos. Wenn Du als Partition dann Primär und FAT16 wählst, klappts auch wieder mit dem MD
Gruß
Andreas