Hallo iceman,
fliegende Vögel kann man meiner Erfahrung nach am besten mit dem großen Fokussensor verfolgen. Das hat bei mir auch schon mit der 5D / 7D ganz gut geklappt (habe jetzt die

700). Wenn sie allerdings so tief fliegen, daß auch der Boden von AF-Sensoren erfasst wird, dann stellen alle Kameras auch gerne darauf scharf

.
Ich hatte vor einiger Zeit ein Problem mit dem Nachführ-AF bei hellen Hintergründen (
hier beschrieben). Bei mir hat es geholfen unten im Spiegelkasten im Sensorreinigungmodus (also mit hochgeklappten Spiegel) gezielt die AF-Kuhle mit einer Ohrenspritze aus der Apotheke auszublasen. Vielleicht liegt bei dir ja was ähnliches vor!?
Gruß
Justus