Hast Du die Bilder in der Kamera gelöscht oder per PC und Kartenleser?
Meine Standardprozedur läuft übrigens so: Die Karte wird regelmäßig am PC ausgelesen und wenn sie voll ist bzw. ich eine absolut leere Karte brauche, formatiere ich sie in der Kamera. Damit habe ich mit noch keiner Kamera und Karte Probleme gehabt.
In Deinem Fall würde ich mal versuchen, die Karte erst am PC mit FAT32 (FAT16, wie ich zuerst schrieb, war wohl Quatsch
) zu formatieren und danach nochmals in der Kamera.