Autopano Pro kann Helligkeit, Kontrast und Weißabgleich von Aufnahmen, die gestitcht werden sollen, aneinander angleichen, für Details dazu siehe
hier. Vielleicht einfach mal ausprobieren, es gibt eine Testversion.
Auch von Hugin gibts eine
Beta (unter "Tester / Power Users"), die eine Angleichung der Belichtung der einzelnen Aufnahmen erlaubt.
Rainer