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Versuch's mal mit:
chkntfs e: /x
und
chkntfs f: /x
Das stellt die Überprüfung für e: und f: ab.
Du solltest jedoch vorher auch mal manuell ein chkdsk /f für die Laufwerke gefahren haben.
Eventuell auch Parameter /R (Oberflächenprüfung).
Kuck auch mal ins Systemlog, ob der PC nicht beim Runterfahren (oder hochfahren) irgendwelche Fehler meldet. Könnte sein, dass der PC beim Runterfahren im letzten Moment die Platten nicht mehr sauber ent-mounted und dadurch der Check beim Neustart gemacht wird.
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