Das Problem liegt daran, dass der Safemode aktiviert ist. Die einzige Möglichkeit, die ich gefunden habe dies zu umgehen ist:
Nach dem Anlegen eines neuen Ordners musst du die Ordner
data/media/X und
data/thumbnails/X (X steht für die Nummer des zu löschenden Ordners) über ftp löschen und mit dem ftp-Programm wieder neu erstellen und anschliessend CHMOD auf 777 stellen.
Dann klappts mit den uploads.
Es ist zwar etwas lästig, aber es geht...und sooooooo viele Ordner erstellt man ja auch nicht.
PS: Für die 3 bestehenden Ordner hab ich es schon gemacht. Du kannst sie im ACP umbenennen.