Mein AntiVir hatte das selbe Problem auch einmal (finde ich verständlich: er kann ja nicht einfach in den Dateien, in denen der Thunderbird deine Mails lokal abspeichert, herumpfuschen...) und auch nachdem ich die betreffende Mail händisch gelöscht hatte kam die Meldung beim Scan nach wie vor.
Rechtsklick auf den beinhaltenden Ordner im Thunderbird und ein "Compact Folder" schaffte allerdings Abhilfe.
Also vielleicht einfach mal alle Spam-Mails löschen, "Compact Folder" und dann Antivirenprog nochmal drüber laufen lassen? Das wäre zumindest mein Lösungsansatz