Der Nationalpark Komodo befindet sich im Bereich der Kleinen Sunda-Inseln und umfasst die drei größeren vulkanischen Inseln Komodo, Rinca und Padar sowie zahlreiche kleinere Eilande. Zwei Drittel der Gesamtfläche des 1991 ins Weltnaturerbe aufgenommene Parks (1817 km²) entfallen auf Wasser.

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Der Park war 1980 ursprünglich nur als Schutzgebiet für den Komodowaran gegründet worden. Mit einer Körperlänge von maximal 3m und einem Gewicht von gut 70 kg ist er einer der größten rezenten Vertreter der Schuppenkriechtiere. Heute leben in dem Reservat noch rund 3500 dieser Riesenechsen.

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Später wurde der Nationalpark der Erhaltung der gesamten Flora und Fauna, auch im maritimen Bereich gewidmet. In den Gewässern um die Inseln leben 1000 Fischarten, 260 Arten von Riffkorallen, 70 verschiedene Schwämme, 17 Wal- und Delfinarten und zwei Arten von Meeresschildkröten. Seit Beginn der Schutzmaßnahmen wurde das Dynamitfischen eingestellt und die mit Korallen bedeckte Fläche wuchs um 60 Prozent.

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Typisch für das Innere der Inseln ist halbtrockene Waldvegetation.

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Das größere Säugetier des Parks ist der Mähnenhirsch. Er stellt die Hauptbeute des Komodowarans dar. Daneben gibt es Wildschweine, Javaneraffen, Fleckenmusangs, Wasserbüffel und Pferde.

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