Beim Mac gibt es "
DevonThink".
Was du dann auf jeden Fall brauchst, ist eine leistungsfähige Texterkennung, die über die gescannten Dokumente im PDF-Format eine durchsuchbare Textebene legt.
Und dann sollte ein leistungsfähiges Such- und Filtersystem enthalten sein, welches Dokumente nach verschiedenen Kriterien (enthaltene Schlüsselwörter, Datumsangaben, Chronologie) sortiert und zuordnet.
Und zuletzt müsste der Datenbestand noch zwischen verschiedenen Geräten synchronisiert werden.
Was ich ebenfalls (plattformübergreifend) empfehlen kann ist
Evernote!