Ehe du den Scanner einschickst, teste ihn doch mal an einem unbestechlichen Muster, z.B. eine Seite Millimeterpapier, bei verschiedenen Auflösungen. Das Ergebnis kannst du ja hier posten, damit wir auch dazulernen.
Ich vermute, du wirst bei einem Flachbettscanner mit gewissen Fehlern leben müssen. Es sind keine technisch perfekten Geräte, sondern ein Kompromiss zwischen Bezahlbarkeit und dem technisch Machbaren.
Schau dir mal im Wikipediaartikel
Scanner (Datenerfassung) die Abbildungen zum Lochtest an. Mit solchen Erscheinungen wirst du wahrscheinlich leben müssen.
Interferenzen, Moiré und andere optische Erscheinungen können auch softwareseitig nicht ganz beseitigt werden.
Viel Glück bei deinen Versuchen.