GeoSetter ist zwar keine Rakete und das Schreiben der geänderten EXIF-Daten dauert recht lange, aber selbst auf einem ca. 10 Jahre alten Rechner mit Windows 7 sind mehrere hundert Files in ein paar Minuten geschrieben.
Bei Dir scheint definitiv etwas nicht zu stimmen.
Ist vielleicht die Platte schon randvoll?