[der_knipser]

So richtig scharf ist es weder mit AF noch mit manuellem Fokus. Der Grund für die Unschärfe ist mir aber nicht ganz klar. Blende f/11 führt sicher bei den kleinen Pixeln der A77 schon zu Beugungsunschärfe. ISO 400 sollte vom Rauschverhalten eigentlich noch vertretbar sein. Möglicherweise hast Du trotz 1/1000 sec verwackelt? Waren das Aufnahmen vom Stativ aus?
Denkbar bei größerer Entfernung ist auch Luftflimmern oder Dunst.
Zudem sind Einzelbilder nicht so gut zur Schärfebeurteilung geeignet. Mit 10er-Serien ist das schon aussagekräftiger.
Vielleicht probierst Du mal ein Motiv, bei dem man die Schärfe in einer größeren Tiefe beurteilen kann. Du zielst dort mitten rein, und lässt den AF arbeiten. Mach ruhig mal 10 Bilder und vergleiche sie auf dem Bildschirm. Sollte es überwiegend so sein, dass der Fokus vor oder hinter Deinem Motiv liegt, dann empfehle ich eine Mikrojustierung. Bei fließendem Wasser kurz vor und hinter dem Motiv fällt das Beurteilen schwer.

Manuelles Fokussieren würde ich bei solchen Bildern nicht grundsätzlich empfehlen, weil es zu lange dauert. Ich würde lieber daran arbeiten, den AF korrekt zu justieren, und alle anderen möglichen Störquellen ausmerzen.