Ich habe die Vermutung, das Dir außer einer Neuinstallation nichts anderes übrig bleiben wird.
Ich finde Backups nicht gerade geignet für solche Aktionen, hierfür gibt es z. B. Drive-Image oder Ghost 9, welche ein sauberes Abbild erstellen, und ich hatte mit solchen Programmen noch nie größere Probleme beim rekonstruieren ganzer Laufwerke.
Aber vielleicht weis hier ja doch einer einen Guten Rat wie Du weiter kommst, ich drücke Dir den Daumen, leider kann ich nichts dazu beitragen.