Wahrscheinlich nicht das was du suchst, aber Image Magic kann das. Unter "Working with Text Files" in diesem Dokument sollte das auch beschrieben sein.
http://www.imagemagick.org/Usage/windows/
Da geht es zwar um die Entzerrung von Fotos, am Ende werden die aber auch überlagert. Und das Programm kann auf jedenfalls Bilder stapelweise verarbeiten. Man muss sich allerdings erst einmal in das Programm einarbeiten (was nicht ganz trivial ist).
Gruß