[der_knipser]

Du hast noch nicht gesagt, ob Du einen linearen oder einen zirkularen Polfilter verwendet hast. Das könnte einen Einfluss auf das AF-Modul haben.
Es steht auch nicht fest, ob tatsächlich die optische Abbildungsleistung gelitten hat, oder ob die Kamera nur fehlfokussiert hat. Versuche wirklich mal eine liveview-lupen-gesteuerte manuelle Fokussierung, oder fotografiere statt der glatten Wand besser ein gestaffeltes Motiv, an dem man genau erkennen kann, ob der Fokus anderswo scharf stellt.
Mach auch von jeder Einstellung mehrere Versuche. Der Fokus wird nicht jedesmal gleich gut getroffen. Bei manchen Objektiven ist es auch ein Unterschied, ob sie vor dem Fokussieren auf einer näheren oder einer entfernteren Einstellung standen.

Möglicherweise hast Du auch keinen Käsemann-Polfilter verwendet, und durch die fehlende Randversiegelung ist der Filter gequollen. Ursachen für die Unschärfe gibt's viele...