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Ich würde das 75-300 nehmen und in der Empore sitzen bis zur Taufe, dann runter gehen und von der Seite - wo du einen schönen Hintergrund hast - die Taufe fotografieren. Zum 50mm kannst du dann wechseln, obwohl WW (also 18-55) in solchen Situationen auch gut ist, da man die ganze Familie und die (schöne?) Kirche ablichten kann.
Nach meiner Erfahrung haben die meisten Protestanten in Deutschland kein großes Problem mit der Fotografie im Gottesdienst, v.a. nicht bei solchen Anlässen.
Fotografiere in RAW, stelle die Belichtung auf Manual und versuche bei 1600 ISO mit 1/100 Sek., wenn's geht. Mit dem 50er bringt in so einem Fall, wo du mehrere Menschen auf einmal fotografierst, eine Blende von 1.7 oder 2.2 recht wenig, da die Tiefenschärfe nicht mehr kunstvoll aussieht sondern einfach unscharf. Probiere es vorher mal aus und schaue dir die Bilder an.