Ich finde einen mutigen Neuankömmling mit "Geh erstmal lesen" zu begrüßen nicht so ganz gelungen...
Mir wurde damals als ich hier neu war, sehr viel geholfen und manche dinge muss man einfach diskutieren (mit rückfragen) und kann das nicht nur anlesen.
Also zum speziellen Thema:
Die Unterbelichtung hast Du ja schon angesprochen. Das liegt an der weißen Box im Hintergrund und den farbigen Mäusen (besonders bei schwarzen wird es schwierig). Die Kamera versucht nämlich automatisch alle Farben im Bild aufzunehmen, wenn Du viel weiß hast, versucht sie das in Richtung "grau" zu korrigieren.
Also hilft eine Überbelichtung, die kannst Du im angesprochenen "A-Modus" erreichen, indem du das (meist vordere, je nach Belegung) Rädchen Richtung "+1" oder so verschiebst. Da musst Du ein wenig experimentieren... Try and Error

Du kannst das Problem auch ein wenig umgehen, indem Du die Belichtungsmessung auf "Mittig" oder "Spot" stellst und damit die Mäuse anmisst. (Wie Du das genau einstellst, findest Du im Handbuch).
Evtl. wird dann aber die Belichtung zu lang, je nach Deinen Lichtverhältnissen.
Bei dieser Art der Fotografie würde ich insgesamt mit viel Licht arbeiten... Versuch mal 2 Schreibtischlampen o.ä. auf die Mäuse von links und rechts zu richten (wird warm!).
Dann sind die Reflexe im Fell auch schöner.
Der Fokus sitzt bei Deinen Beispielbildern nicht richtig.
Auch da musst Du ein wenig probieren.
Als Tipp: Immer auf das Auge zielen und als Fokusmethode "Spot" bzw. "Lokal" (und dann das mittige auswählen) verwenden.
Unschärfe kann auch durch Belichtungszeiten kommen, die Mäuse sind ja etwas wuselig und daher darauf achten, dass die Belichtung kurz bleibt.
Wie man das macht? Mit viel Licht
Für die Tiefenschärfe wurde ja schon gesagt: Hohe Blendenzahl!
Dazu brauchst Du... richtig... VIEL LICHT

*
Ein wenig hilft übrigens ein Lichtstarkes Objektiv... In Deinem Falle würde ich über ein Makro nachdenken. Die Kitobjektive haben nur relativ wenig Lichtstärke und auch nur einen begrenzten Makro-Bereich.
So, das als Anregungen, sei ein wenig getröstet: Du hast Dir zum Start nicht die einfachsten Motive ausgesucht, (schnelle) Tiere sind immer ein wenig tricky..
Gut finde ich, dass Du direkt schon auf Augenhöhe der Mäsuchen gegangen bist und nicht von oben herab fotografiert hast, das zeigt, dass Du Dir Gedanken gemacht hast oder zumindest schon viele Bilder aus dem Bereich gesehen hast und weißt was Du willst
* ich weiß, dass das ein Widerspruch ist, da die Anfangslichtstärke bei einem Objektiv das auf 11 abgeblendet wird, nicht so relevant erscheint. Man kann aber durchaus auch mit 2.8 schöne Makros/Nahaufnahmen erstellen, dann verschwimmt halt der hintere Körper in Unschärfe, wenn die Augen aber scharf sind, sieht das sehr hübsch aus und meiner Meinung nach besser als eine durchgängig scharfe Maus. (Hat dann eher etwas 'Portrait"-haftes)...