Ich würde mir mal ein Diagnose-Tool für deine Festplatte herunterladen und laufen lassen (sollte es auf der Herstellerpage geben).
Desweiteren würde ich mal die S.M.A.R.T Werte deiner Festplatte auslesen lassen.
Das geht mit
HDTune (die Non-Pro Version ist kostenlos).
Könnte sein dass dein Dateisystem einen Knacks hat.